ENRodjen je 1946. godine u Sremskoj Mitrovici, osnovnu školu i gimnaziju završio je u Novom Sadu. Diplomirao je 1969. godine na Pravnom fakultetu Univerziteta u Novom Sadu, postdiplomsku specijalizaciju iz medjunarodnog prava stekao na Akademiji za medjunarodno pravo u Hagu, a akademsko zvanje magistra pravnih nauka na Pravnom fakultetu Univerziteta u Beogradu.
Novinarstvom se bavio od djačkih dana, a kao gimnazijalac saradjivao u programima Radio Novog Sada i „Poletu“, srednjoškolskom podlistku studentskog lista „Indeks“ u Novom Sadu. Tokom studija bio novinar, urednik i na kraju glavni urednik „Indeksa“. Kao student, 1969. godine izabran je za poslanika u Republičkom veću Skupštine SR Srbije na prvim i jedinim neposrednim skupštinskim izborima nakon Drugog svetskog rata na kojima je pre uvodjenja višepartijskog sistema u Jugoslaviji bilo omogućeno slobodno kandidovanje. Na taj način sa 23 godine postao je najmladji poslanik u dotadašnjoj istoriji parlamentarizma u Srbiji. Najveći deo svog novinarskog staža proveo u nedeljniku NIN, gde je radio od 1973. godine, najpre kao novinar, komentator i urednik u unutrašnjoj, zatim više godina kao urednik i komentator u spoljnopolitičkoj rubrici. Od 1998. do 2002. bio je glavni i odgovorni urednik tog nedeljnika.
Tokom više decenija u NIN-u pisao je o političkim, kulturnim i društvenim dogadjajima u zemlji i svetu, o temama iz oblasti domaćeg i medjunarodnog prava, ekonomije, novih tehnologija, i izveštavao je Evrope, Azije i SAD. Saradjivao je i objavio veći broj članaka i drugih novinskih tekstova u dnevnim i nedeljnim listovima u Novom Sadu, Beogradu, Zagrebu i Ljubljani, kao i u nekim od najuglednijih listova i časopisa u SAD („New Leader“, Nujork), Nemačkoj („Die Zeit“, Hamburg) i Portugaliji („Publico“, Lisabon).
Radio je kao novinar za više domaćih i stranih elektronskih medija i novinskih agencija, a najduže u programu na srpskom jeziku nemačke radio stanice Dojče Vele i televizijskom programy DWTV na engleskom jeziku. Na TV Avala od proleća 2007. do leta 2008. godine bio je autor i voditelj emisije „Listanje“ posvećene novinarstvu i novinarima u štampanim medijima. U dugom periodu bio je jedan od najčešće citiranih domaćih analitičara i komentatora jugoslovenskih prilika u svetskim medijima. Jedan je od osnivača novinske agencije Beta i jedan od osnivača Nezavisnog udruženja novinara Srbije (NUNS). Kao saradnik Evropskog instituta za medije iz Mančestera u Velikoj Britaniji (kasnije preseljenog u Diseldorf, SR Nemačka) učestvovao je u izradi više medjunarodnih projekata o tranziciji i demokratizaciji medija u istočnoj Evropi nakon okončanja „hladnog rata“. Autor je više knjiga o slobodi štampe, pravnom i političkom sistemu u Jugoslaviji i ratnoj krizi na Balkanu, objavljenih u Jugoslaviji („Poslednja poruka“, NIN, Beograd 1980; „Posle Tita“, Partizanska knjiga, Ljubljana-Beograd, 1980.; „Oslobodjenje štampe“, Mladost, Beograd, 1982.) i u inostranstvu (Stevan Nikšić i Pedro Caldeira Rodrigez, „O virus Balcanico – O caso da Jugoslavia“, Aširio & Alvim, Lisabon 1996.), kao i više stručnih radova i studija o novinarstvu (u časopisima „Novinarstvo“, Jugoslovenskog instituta za novinarstvo, „Gledišta“ i dr.).
Iza sebe je ostavio suprugu Branislavu i kćeri Emiliju i Bojanu. Komemoracija povodom smrti Stevana Nikšića biće održana u redakciji nedeljnika NIN u četvrtak, 25. marta u 13 sati.
Stevan Nikšić biće kremiran u petak, 26. marta u 14 sati na beogradskom Novom groblju.
