Na Jovanovića je pucano 27. maja 2004. godine u 23 sata i 5O minuta dok je ulazio u svoj automobil, koji je bio parkiran ispred redakcije lista. Ubrzo zatim Jovanović je od zadobijenih rana preminuo u Kliničkom centru Crne Gore.
U rukama crnogorskog pravosuđa i policije nalaze se poznati crnogorski karatista Damir Mandić, kome se sudi zbog ubistva Jovanovića, i Beranac Vuk Vulević, koji je formalno osumnjičen zbog nelegalne trgovine kafom. Policija nema dokaza za sumnje da je i on učestvovao u atentatu na urednika podgoričkog dnevnika.
Vulević je uhapšen pre nedelju dana u Beogradu, na osnovu poternice zbog utaje poreza, iako je pre dva meseca ministar policije Dragan Đurović najavio da je za njim raspisana poternica zbog sumnje da je umešan u šverc kokaina.
Srpska policija ga je 23. maja izručila crnogorskim kolegama, koji su ga dva dana ispitivali o različitim krivičnim delima, uključujući i atentat na Jovanovića, ali Vulević, prema nezvaničnim informacijama koje je objavila podgorička štampa, nije bio voljan da odgovara na te teme.
Prema ranijoj nezvaničnoj policijskoj verziji, sumnja se daje Vulević ispalio smrtonosne hice u urednika „Dana“. On je saslušavan dva dana nakon atentata, ali je pušten jer je njegov alibi te kritične noći potvrdio inspektor CB Berane.
Kasnije je utvrđeno da je alibi bio lažan. Policija sumnja da se u automobilu „golf 3“, iz koga je pucano na Jovanovića, nalazio i Armin Muša Osmanagić, koji je u bekstvu.
U optužnici koji je protiv protiv Mandića podiglo državno tužilaštvo navodi se da se on kritične noći „golfom“, sa dve pripremljene puške, dovezao do redakcije lista, i da je u trenutku kada je Jovanović ušao u svoj auto iz automatskog oružja ispalio više hitaca u njega. Ubistvo je, navodi se u optužnici, pripremano.
Porodica i bivši saradnici Duška Jovanovića veruju da se motiv ubistva treba tražiti u pisanju lista „Dan“, koji je zbog insistiranja na raznim aferama i nelegalnim poslovima bio meta 50 tužbi – od čega većine dok je Jovanović bio na njegovom čelu.
Najviše bure u javnosti izazvale su tužbe zbog prenošenja tekstova iz hrvatskog nedeljnika „Nacional“ o švercu cigaretama, zbog čega je bivši urednik „Dana“ Vladislav Ašanin osuđen na zatvorsku kaznu na čije izdržavanje nije pozivan.
Miodrag Jovanović veruje da iza ubistva njegovog brata stoje nalogodavci, koji su platili da ono bude izvršeno.
„Damir Mandić i (Vuk) Vulević nisu poznavali mog brata i nisu ništa imali protiv njega. Koji bi mogli imati motiv da ga ubiju,“ rekao je Jovanović novinarima nakon jednog ročišta.
Godišnjica ubistva urednika „Dana“ biće obeležena danas protestnom šetnjom od mesta ubistva do Skupštine Crne Gore.
Glavni i odgovorni urednik „Dana“ Mladen Milutinović rekao je agenciji Beta da se nada da će hapšenje Vulevića, kao jednog od, kako je rekao, potencijalnih učesnika ubistva, ubrzati istragu.
Novinarska udruženja u Crnoj Gori apelovala su juče na pravosudne organe da što pre reše ubistvo glavnog i odgovornog urednika „Dana“.
Dnevnik „Dan“ objaviće sutra specijalni dodatak povodom godišnjice ubistva, u kome će biti objavljeni i neki raniji tekstovi pokojnog urednika ovog lista. Crnogorski mediji prethodnih godinu dana nisu u svojim emisijama, odnosno na svojim stranama, insistirali na rešavanju ubistva urednika „Dana“.