On je optužen da je zloupotrebom službenog položaja od septembra 1996. godine do avgusta 2000. godine, bez saglasnosti urednika i mimo stambene komisije, dodeljivao stambene kredite „deficitarnim kadrovima“ i tako drugima pribavio imovinsku korist u iznosu od 38 miliona dinara.
Milanović u zatvoru u Požarevcu izdržava kaznu zatvora od 10 godina na koju je osuđen kao odgovoran za pogibiju 16 radnika RTS u NATO bombardovanju 23. aprila 1999. godine.